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本中心業務組織系統係根據任務需要編訂。董事長以下置執行長、管理代表、總驗船師及副總驗船師,由董事長提名經董事會通過後聘任之;另設檢驗、企劃、再生能源、品管、研究、技術、行政等處,各處依需要各分設若干組處理相關業務,並於國內外各重要港埠設分支機構及聘任額外驗船師。並為推動工作需要,設置技術委員會、船級委員會及品管委員會。組織架構圖詳如下圖:
 
 
 
檢 驗 處 Survey Department
 
  管制組 Survey Control Section
01. 承辦現成船入級申請案
02. 承辦現成船定期及臨時檢驗申請案
03. 承辦現成船延期檢驗申請案
04. 承辦現成船改裝檢驗申請案
05. 承辦船舶在國外被查扣案
06. 承辦委託檢驗申請案
07. 檢驗申請案之編號與統計
 
  報告組 Report Section
01. 審查船級証書及檢驗報告
02. 審查公約証書及檢驗報
03. 審查其他船級委託檢驗報告
04. 損害檢驗資料之彙集統計
05. 審查技術檢定証書與報告
06. 辦理 MCS,HCS 新資料建立
07. 存管核可之船級証書及檢驗報告
08. 存管核可之公約証書及檢驗報告
09. 存管核可之機材証書及檢驗報告
10. 存管核可之他船級委託檢驗報告
11. 存管核可之其他相關文件
12. 存管核可之工廠認可文件
13. 存管核可之型式認可文件
14. 存管核可噸位計算與証書其他檢驗報告與証書
15. 船級証書、公約証書之簽發
16. 登記檢驗狀況及時限
17. 登記檢驗未了事項
18. 發行檢驗狀況給船東
19. 整理本中心船級船舶資料
20. 船舶登記簿之定期修訂
21. 定期彙集檢驗作業報表
22. 技術通報之管制
 
  機材組 Material and Equipment Section
01. 承辦機材檢驗申請案
02. 審查機材證書及檢驗報告
03. 承辦委託檢驗申請案
04. 檢驗申請案之編號與統計
 
企 劃 處 Planning Department
 
  業務組 Business Section
01. 規劃中心未來業務方向
02. 市場分析調查
03. 專案諮詢與規劃
04. 客戶滿意度調查分析
05. 辦理與其他各驗船機構之合作
06. 海運界所洽請之技術及顧問諮詢服務之協議
07. 新船入級及專案規劃之報價及議價
08. 現成船入級、公證檢驗及ISO驗證等業務之爭取
09. 執行額外驗船師聘用、解約、連絡等事宜
10. 驗船師圖章、印鑑卡之管理
11. 額外驗船師及專任驗船師履歷表之建檔
12. 額外驗船師手冊之維護及發行、額外驗船師通訊資料之建檔
13. 客戶通訊資料之登錄及維護
 
  資訊組 Information Technology Section
01. 電腦區域網路管理
02. 本中心分支機構電腦連線作業
03. 交通部船舶管理系統連線作業
04. 電腦硬體設備維護及諮詢
05. 電腦軟體管理及開發
 
再生能源處 Renewable Energy Department
 
  驗證組 Certification Section
01. 發展離岸風電業務
02. 建置再生能源驗證技術
03. 承辦再生能源驗證申請
04. 承辦離岸風場專案驗證申請
05. 承辦技術盡職調查申請
06. ISO/IEC 17065 規劃事務
 
  海事技術組Maritime Technology Section
01. 發展海事保證鑑定業務
02. 建置海事工程驗證技術
03. 承辦海事保證鑑定申請
04. 承辦海事技術諮詢
 
 
品 管 處 Quality Assurance Department
 
  稽查組 Audit Section
01. 品管手冊之修正
02. 品質規劃事務
03. 內部稽查事務
04. 管理審查事務
 
  評審組 Assessment Section
01. 船舶安全管理系統(ISM)驗證登記辦法之訂定及修正
02. 船舶安全管理系統(ISM)之驗證及登記
03. 國際船舶和港口設施保全(ISPS)驗證登記辦法之訂定及修正
04. 國際船舶和港口設施保全(ISPS)之驗證及登記
05. 海事勞工公約(MLC)驗證登記辦法之訂定及修正
06. 海事勞工公約(MLC)之驗證及登記
 
研 究 處 Research Department
 
  規範組 Rules & Regulations Section
01. 蒐集國內外有關造船、造機及其他船級機構之規範等各項資料以及規範使用者所提出之意見,加以分析及研究,作為本中心制定/修訂驗船有關規範之參考依據
02. 辦理本中心驗船有關規範之制定/修訂作業之行政工作
03. 船級證書之制定及修正
04. 證書及報告表格之編號及Form List之修正作業
05. 技術性書刊之購置與管理
06. 負責籌劃為制定及修正船級檢驗表格而成立之臨時專案任務編組
 
  法規組 Statutes Section
01. 蒐集與本中心有關之國際公約與海事法規加以研究分析並擬具因應措施及建議
02. 協助政府及有關單位辦理各項有關航政及航業法令之研擬及修訂
03. 船舶公約證書之制定及修正
04. 負責籌劃為制定及修正公約檢驗報告表格而成立之臨時專案任務編組
05. 將與本中心驗船工作有關之國際公約與海事法規予以整理/研析後,以技術通報分發技術部門人員使用
 
  研發組 Research & Development Section
01. 辦理本中心驗船有關規範之研究開發作業
02. 理參加國內外船舶有關學術會議及發表技術性論文
03. 辦理技術部門委託研究案
 
  訓練組 Training Section
01. 辦理本處新進技術人員訓練及在職人員進修訓
02. 辦理技術部門其他各處及品管處所委託之訓練,包含:新進技術人員訓練在職人員進修訓練
03. 辦理對內/外特定項目之訓練工作
04. 辦理參加國內外其他單位所舉辦之專業訓練
 
技 術 處 Technical Department
 
  船體組 Hull Section
01. 審查船體圖說
02. 與船體有關之工廠及產品認可
03. 存管認可之圖說
04. 蒐集有關船體之技術資料
 
  輪機組 Machinery Section
01. 審查輪機圖說
02. 與輪機有關之工廠及產品認可
03. 蒐集有關輪機之技術資料
 
  電機組 Electricity Section
01. 審查電機圖說
02. 與電機有關之工廠及產品認可
03. 蒐集有關電機之技術資料
 
  艤裝組 Outfitting Section
01. 審查艤裝圖說
02. 辦理噸位丈量及發證
03. 與艤裝有關之工廠及產品認可
04. 蒐集有關艤裝之技術資料
 
 
行 政 處 Administration Department
 
  人事組 Personnel Section
01. 員工人事資料檔案管理
02. 員工保險管理-全民健康保險,勞工保險及團體綜合保險
03. 員工考成晉升及獎懲
04. 員工職業災害傷病補償之辦理
05. 員工請假之辦理
06. 員工退休資遣及撫卹之辦理
07. 勞工退休準備金監督委員會組織規章之管理
08. 甄選新進人員
09. 行政人員訓練
 
  總務組 General Affairs Section
01. 事物用品管理
02. 電話管理
03. 影印機管理
04. 事務用品購置
05. 印刷品交印管理
06. 備用金管理
07. 事務費報銷
08. 郵資機管理
09. 設施與工作環境之提供及維護作業
10. 傳真機管理
11. 文書用印管理
12. 文件分繕打字及校對作業
13. 文件發文編號
14. 收文管理
15. 傳真、打字、收發作業
16. 資料之防護與交件作業
 
  財務組 Finance Section